“五运”，指宇宙天体，特别是五大行星相对地球做周期性运动导致对大气所发生的周期性的影响，中医中将其记为木、火、土、金、水五行周而复始的运动变化对气候的影响。
“六气”指风、寒、暑、湿、燥、火，为五运在气象上的表现。
一、“五运六气”源自中医学的天人相应思想
中医学将人的生命体等同于自然界，这样自然界的五运六气变化就会对应到人的身体及五脏支之中。具体天人相应的方式是通过天干地支推演而来。“天气始于甲，地气始于子，子甲相合，命曰岁立，谨候其时，气可与期。”——《素问》
《黄帝内经》在《素问·五运行大论》中称“土主甲己，金主乙庚，水主丙辛，木主丁壬，火主戊癸。子午之上，少阴主之；丑未之上，太阴主之；寅申之上，少阳主之；卯酉之上，阳明主之；辰戌之上，太阳主之；已亥之上，厥阴主之。不合阴阳，其故何也。
中医是将五行与干支相结合，判断其阴阳属性，并归之于经络之中。
《黄帝内经》采用干支格局推演六十甲子年的气运变化。
《天元纪大论》称：“天以六为节，地以五为制。周天气者，六期为一备；终地纪者，五岁为一周。君火以名，相火以位。五六相合，而七百二十气为一纪，凡三十岁，千四百四十气，凡六十岁而为一周，不及太过，斯皆见矣。”
这里说，天气的变化呈现出六年的周期，地的变化则以五年为周期，二者回合周期是30年，60年则是完整周期。
明代杰出医学家张景岳称：“天以六期为备，地以五岁为周，周余一气，终而复会，如五个六，三十岁也，六十五，亦三十岁也，故五六相合，而七百二十气为一纪，凡三十岁也。”七百二十气，即七百二十个节气，恰为三十年，为天气六年和地气五年的最小公倍数。但周期太小则过密，周期太大则恐疏，于是与甲子相配，则翻一倍为六十年，如此周期既有变化弹性，又不至于过于疏漏。
“五运六气”对应天文星辰与“天地之门户”
在《黄帝内经》中对于十干纪运还有一段与天文学相关的内容：“臣览《太始天元册》文，丹天之气经于牛女戊分，鈐天之气经于心尾己分，苍天之气经于危室柳鬼，素天之气经于亢氐昴毕，玄天之气经于张翼娄胃。所谓戊己分者，奎壁角轸，则于天地之门户也。夫侯之所始，道之所生，不可不通也。”
《太始天元册》中记载，丹天（赤色火）的气象经过牛宿、女宿及西北方的戊分（奎宿、壁宿）；黅天（黄色土）的气象经过心、尾二宿及东南方的己分（角宿、轸宿）；苍天（青色木）的气象经过危宿、室宿与柳宿、鬼宿之间。
所谓戊分，即奎宿、壁宿所在的方位。己分就是角宿、轸宿所在的方位，是天地的门户。这是推演气候的开始，是自然规律的所在。
“天地之门户”
当太阳视运动到奎宿、壁宿之间时，正是由春天进入夏天的时候，夏天为阳中之阳，此处为天门；当太阳视运动到角宿、轸宿之间时，正是由秋天转入冬天的时候，冬天为阴中之阴，此处为地户。所以古人称奎、壁、角、轸为天地之门户。
宋代医家刘温舒根据《黄帝内经》中对天干五运的描述，在其所著的《素问运气论奥》中绘制了著名“五气经天图”，如下：
此图从内到外分共由四层，最里一层是五气经天示意图，丹天、黅天、苍天、素天、玄天指红色、黄色、青色、白色、黑色五种气，分别代表火、土、木、金、 水五行之气；
第二层是二十八宿，用来标记日月五星运动位置。
第三层是天干、地支、八卦层。
最外层是标注的东、南、西、北四方位，并对应第二层将二十八宿划分为四组。
即角、亢、氐、房、心、尾、箕属东方苍龙；
井、鬼、柳、星、张、翼、轸属南方朱雀；
奎、娄(lóu)、胃、昴(mǎo)、毕、觜(zī)、参(shēn)属西方白虎；
斗、牛、女、虚、危、室、壁属北方玄武。
五运六气
上古时期，古人观察的五天之气
丹天之气贯穿于牛宿、女宿，奎宿、壁宿之间，即癸、 戊之位，所以戊癸主火运，即戊癸合化火；
黅天之气贯穿于心宿、尾宿，角宿、 轸宿追案，即甲、己之位，所以甲己主土运，即甲己合化土；
苍天之气贯穿于危宿、室宿，柳宿、鬼宿之间，即壬、丁之位，所以丁壬主木运，即丁壬合化木；
素天之气贯穿于亢宿、氐宿，昴宿、毕宿之间，即乙、庚之位，所以乙庚主金运，即乙庚合化金；
玄天之气贯穿于张宿、翼宿，娄宿、胃宿，即丙、辛之位，所以丙辛主水运，即丙辛合化水。
五气经天图所描述，就是“天干五合”的本源与机制原理 。
中医学是建立在古人将宇宙天体运动及自然变化规律对应到人体上的天人相应的具体体现，构建起宇宙本源与生命机理的联系，揭示自然规律与生命变化的关系。同时也为人类提供从生命学角度反观宇宙自然，进而优化阴阳五行思想理论体现的通道。
“五运六气”学说开拓疾病预测新思路
“五运六气”学说就是以天干地支组合的六十甲子，以天干纪运，以地支纪气的方式推算运和气的旺衰，预测气候的变化。试图建一套天时与疾病发生的联系的规律，并以此为据对即将发生的疾病做好防范与准备。这套演算系统与命理学用四柱干支求测有颇多相似之处，至少在天干地支的正五行与合化冲害关系上是一致的。
命理学和中医学本同源，然而两个学科又是不同的，有各自的出发点。运气学说是以年运为主要测算对象，以自然现象及社会群体为求测结果；命理学则是对个人的，以个人的出生信息推测其个人的疾病预测。
命理学自宋明发展至今，虽古代人对命理学的主要诉求是求官、求财，但现今社会，人们对健康的关注，对养生的需求日益旺盛。命理学者、中医学者试图将命理学与中医学都在进行康与疾病预测领域的探索。如有的学者通过中医体制检测报告与检测者禄命结果的信息进行计量分析，试图寻找他们之间的相关性，并获得了一些成果。
命理学对于疾病预测的功能所能服务的人群范围小，但若借助中医学的“气运”学发展，则能发挥更大的作用，服务于更多的人群。这一结合的未来趋势必引领出新的医养概念。
